La truite fario, poisson totem des Pyrénées, se fait de plus en plus rare dans les cours d’eau ariégeois (lacs/torrents d’altitude). Menacée par différents facteurs (réchauffement climatique, barrages hydrauliques, aménagements de berges, maladies aquatiques comme la PKD, pollution des eaux, et lâchers d’alevins de truites d’élevage), sa population subit un certain déclin. Pourtant, sa présence est un indicateur de la qualité de l’eau et de l’écosystème. La pêche de la truite fario est réglementée de sorte qu’il est interdit de détruite ses oeufs et habitats.
Les cours d’eau de l’Ariège abritent également le Saumon de l’Atlantique, espèce classée « quasi menacée » sur la Liste Rouge de l’UICN de 2019. Espèce amphihalin, son cycle de vie est partagé entre la mer et l’eau douce. Sa population a fortement régressé au cours du XIXème siècle, et a disparu de plusieurs bassins tels que la Garonne à cause de la fragmentation et la dégradation des milieux. Un programme créé en 2024 a pour objectif la réintroduction et la sauvegarde du saumon sur la réserve Naturelle Confluence Garonne – Ariège (travaux de restauration de frayères potentielles et élevage de jeunes saumons pour repeupler les bassins de la Garonne et de l’Ariège). Ce programme s’intègre dans le Plan National 2022-2027 élaboré par l’OFB en faveur des migrateurs amphihalins.